蛇類在動物界中屬脊索動物門、脊椎動物亞門、爬行綱、有鱗目、蛇亞目。
在爬行綱中，有鱗目分為2個亞目：蜥蜴亞目和蛇亞目。這是因為蛇類和蜥蜴類有著許多共同的特征，如通身被覆角質鱗片；無犁骨齒，無翼骨一犁骨連接，無下顳弓，耳柱骨細，榫接式踝關節，跗骨減少，無腹膜肋；成對的半陰莖，泄殖肛孔呈一橫裂；舌細長，前端分叉而后端可縮入舌鞘，等等。有些特征與無四肢的蜥蜴共有：左肺退化甚至消失，無外耳與鼓膜，無活動眼瞼，生殖腺前后配置等。現代分子生物學的研究表明：蛇與某些種類的蜥蜴的運鐵蛋白和血紅蛋白電泳移動速度形成重疊的系列；美洲鬣蜥科與蛇類的血紅蛋白經胰蛋白酶水解所產生的肽類指紋圖有許多共同的地方。從而可以證明，蛇類與蜥蜴類的親緣關系最為密切。
最早的蛇類化石發現在白堊紀早期，而蛇類的出現還要早些，可能在侏羅紀，而那時蜥蜴已相當繁盛。因此，一般認為蛇類是由古代(晚侏羅紀前)某些地下穴居生活的蜥蜴演化而來的。白堊紀時出現了較原始的蟒蛇，至中新世比較高等而又進化的游蛇和毒蛇類蛇得以繁衍。
