一般毒蛇的頭部后端寬大，表面呈三角形；無(wú)毒蛇的頭部后端稍粗過(guò)吻端，多呈橢圓形。這也是毒蛇和無(wú)毒蛇的區(qū)別之一。但是，有的毒蛇頭部并不呈三角形，而呈橢圓形；有的無(wú)毒蛇的頭部卻呈三角形。因此，不能一概把頭部呈三角形的蛇定為毒蛇，把頭部呈橢圓形的蛇定為無(wú)毒蛇。
被一層固定的透視角膜覆蓋著的一對(duì)亮而圓的眼睛位于頭部?jī)蓚?cè)。眼球?yàn)閳A形，由外層的鞏膜和中間層的角膜及內(nèi)層的脈絡(luò)膜組成。不透明的鞏膜起到保護(hù)眼球的作用。透明的角膜中央有圓形瞳孔，分布有血管、神經(jīng)。含有黑色素的脈絡(luò)膜向前延仲伸到晶狀體前面形成一圈虹膜，由色素細(xì)胞和平滑肌組成．具有伸縮性，瞳孔有裂孑L形和圓形兩種，裂孑L形瞳孔的蛇一般為和夜間活動(dòng)的蛇；圓形瞳孔的蛇一般是喜歡白天活動(dòng)的無(wú)產(chǎn)蛇．因沒(méi)有上下眼瞼，蛇的眼睛只能適當(dāng)轉(zhuǎn)動(dòng)而不能閉合。所以．蛇的眼睛不管是睡覺(jué)還是死后都是睜著的。蛇的眼球后方?jīng)]有視凹，視覺(jué)不敏銳，因此視力也很差，只能辨別移動(dòng)的物體，離其1米左右的物體就很難看見(jiàn)。
蛇的鼻孔位于眼的前方，并不是主要的嗅覺(jué)器官，只是呼吸空氣的門(mén)戶。蛇的嗅覺(jué)比較發(fā)達(dá)，主要嗅覺(jué)器官是由口腔頂部腭骨前方深凹狀的“鋤鼻器”和生長(zhǎng)在口腔內(nèi)的舌頭共同組成，但鋤鼻器并不與外界相通，只通過(guò)嗅覺(jué)神經(jīng)與腦神經(jīng)相連，其嗅覺(jué)功能需借助舌頭來(lái)實(shí)現(xiàn)。蛇的舌頭又稱“蛇信子”，無(wú)毒，細(xì)長(zhǎng)有分叉，由縱向、背腹向、斜向和左右向等橫紋肌組成。舌尖上有豐富的敏感物質(zhì)和黏液，起味覺(jué)和觸覺(jué)的雙重作用。蛇總是不停地吞吐著舌頭，特別是在爬行的時(shí)候吞吐得更快，令人懼怕。舌頭的基部有舌鞘，鞘內(nèi)能裝下整條舌頭，當(dāng)舌鞘收縮時(shí)，舌頭便迅速?gòu)那蕛?nèi)彈出。因此，蛇不用張口即可吐舌頭。
蛇的耳朵結(jié)構(gòu)比較簡(jiǎn)單，沒(méi)有外耳、鼓膜、鼓室和耳咽管結(jié)構(gòu)，只有發(fā)達(dá)的內(nèi)耳和聽(tīng)骨，因此，蛇聽(tīng)不見(jiàn)周圍傳來(lái)的聲音，卻能非常敏捷地接受地面振動(dòng)傳來(lái)的聲波刺激。所以，人在行走時(shí)或是用棍棒敲打地面、草木等即能把蛇趕走。
蛇的嘴張得很大，能把比它頭部大好幾倍的食物吞下，是因?yàn)樯叩纳舷骂M能張開(kāi)到130。。在上下頜骨和腭骨上生長(zhǎng)著兩排或多排的實(shí)心齒，有防御外敵侵襲和捕捉食物的作用，毒蛇除了實(shí)心的齒外，還有一對(duì)或多對(duì)長(zhǎng)在上頜骨前端或后端又長(zhǎng)又粗的毒牙。
有的毒蛇在頭部?jī)蓚?cè)鼻孑L與眼之間各有一個(gè)陷窩組織，稱為“頰窩”，是調(diào)節(jié)體溫的裝置，頰窩系上頜骨的深凹，前寬后窄呈三角形，有一頰窩膜把它分成里外兩部分，外面由一個(gè)小孔與空氣接觸，膜上布滿三叉神經(jīng)末梢。只要周圍的溫度發(fā)生變化，通過(guò)神經(jīng)末梢及三叉神經(jīng)傳導(dǎo)到中樞，就會(huì)產(chǎn)生溫差感覺(jué)，并能準(zhǔn)確地確定方位，對(duì)尋找食物和防御有著重要作用，還有助于蛇在夜間覓食。
蝰蛇亞科的部分蛇類在鼻孔上方有一個(gè)小窩，其神經(jīng)分布與頰窩相似。蟒蛇科的有些蛇類在唇部有唇窩，是一種熱能感受器，能感知微小的溫度變化。
