泌尿系統由腎臟和輸尿管組成。蛇類的腎臟位于體腔后部，生殖腺的稍后方，呈長形，赤褐色。兩腎位置交錯，右腎較左腎位置略前，同時也長于左腎。輸尿管起始于左右腎臟內側的前方，向后延伸，直達尿殖肛腔，沒有膀胱，雄性的左右輸尿管與左右輸精管合并，亦開口于尿殖肛腔背壁，雌性輸尿管則不與輸卵管合并，分別開口于尿殖肛腔。蛇類以排泄尿酸為主，如生活于埃及沙漠的游蛇和花條蛇，它們排出的各種含氮廢物的排泄量(占排泄總氮的百分比)是：前者排出的尿酸占55、氨占5、尿素占3；后者則分別為61、2、2。但也有以排泄尿素為主的，如黑蛇(胚胎)排泄的尿酸、氨、尿素(占排泄氮總量的百分比)分別為20、20、60。但大多數蛇主要是排泄尿酸。其生理意義為尿酸不易溶解，故在尿中沉淀。而水被腎小管和泄殖腔等部位吸收，其結果則以膏狀或半固體狀排出，消耗的水量極少。排泄尿酸還可以使K和Na+進入尿酸，不必像哺乳類的腎臟那樣消耗更多的水來排出這些離子，所以陸生的蛇排泄尿酸鹽是排泄鹽類而又失水不多的一種機制。
蛇類腎臟功能的調節，既有神經的，也有體液的。如由下丘腦釋放的精氨酸管催產素(nine vasotocin)對蛇的排泄有雙重作用，即既能減少腎小球的濾過率，又能促進腎小管對水的重吸收，說明精氨酸管催產素具有抗利尿的作用，對于維持蛇類的水鹽平衡有著重要的生理意義。實驗證明，給蛇注射醛固酮也可促進對Na+的重吸收。
